正因为有了“兀良哈三卫”的存在，才更有利于明廷掌控东北地区。如此一来，朱棣也未想过要彻底灭掉“朵颜三卫”。就在双方都各有所需之下，

“兀良哈蒙古”即“朵颜三卫”。早在洪武二十一年（西元1388年），明太祖朱元璋遣大将蓝玉率领大军15万大宁司漠北，在“捕鱼儿海”（贝加尔湖）附近击溃了北元皇帝脱古思帖木儿率领的蒙古大军。

元主次地保、妃嫔、公主等百余皇族被俘。同时，“吴王”朵儿只、“代王”达里麻及平章以下官属三千人亦被俘虏，仅元主与太天保等数十骑逃脱。此战过后，北元彻底失去对于东北大分地区掌控。如此一来，在东北地区的蒙古诸在失去了“北元”这个“黄金家族”后盾后，他们就只得归顺于大明朝。

努尔哈赤与皇太极父俩使各手段甚至包括联姻才搞定“科尔沁”落，但自从双方结成儿女亲家后，便成了“天然同盟军”，共同对抗南边的明朝与西面的“察哈尔蒙古”即“蒙古大汗林丹汗”。在此之前，双方还顺便将亲近明朝的兀良哈蒙古收拾了。

当时，朱元璋就希望依靠着这“三卫”来对黑龙江西的蒙古诸行直接统治。不过，在洪武年间，明廷并未能完全地控制住“兀良哈三卫”，因在“三卫”建立不久，其首领就再次背叛明朝，并重新投靠北元。

在这些归顺的蒙古诸中，就包括“辽王”、“惠宁王”和“朵颜元帅府”。之后，明太祖朱元璋为加对黑龙江西（今大兴安岭以东、松江以西、西拉木河以北一带）蒙古族的控制和辖，遂就决定依靠“辽王”、“惠宁王”“和朵颜元帅府”的势力，在这一地区设立了“兀良哈三卫”（“泰宁”、“福余”、“朵颜”三卫）。

其中，“辽王”阿扎失里为“泰宁卫指挥使”，“泰宁卫”在今屈裂儿河上游和朵颜山一带；“惠宁王”海撒男答溪为“福余卫指挥同知”，“福余卫”在今洮儿河域；“朵颜府元帅”脱鲁忽察儿“为朵颜卫指挥同知”，“朵颜卫”在今江和乌裕尔河域。这就是“朵颜三卫”的由来，因其游牧地区属于“兀良哈”，又称“兀良哈三卫”

明朝初年，明廷赋予“兀良哈三卫”的职责就是“各领其所，以安畜牧”，皆隶属于宁王“大宁都司”，为宁王朱权所掌，而当时，宁王“就藩大宁。大宁在喜峰外，古会州地，东连辽左，西接宣府，为镇。统上九十城，带甲八万，革车六千，所属朵颜三卫骑兵，皆骁勇善战”。

在永乐朝，因明朝军力盛，而朱棣作为一雄主南征北战，让“兀良哈三卫”即使忍不住时不时反叛一下，但大分时间还是被迫效忠明朝的，因为他们清楚自己的实力不如“鞑靼”盛，但后者被明朝击溃。

“三卫”如此作为，当然是忍恼了朱棣。于是，在永乐九年（西元1411年），朱棣遣使谴责“三卫”首领并怒斥：“比者尔为本雅失里所胁，掠我边卒，又遣苦列儿给云市，实行窥伺。狡诈如此，罪奚可容？”

明廷尽很善待“兀良哈三卫”，但此“三卫”的首领们却个个都是反复无常的小人，且总喜“敲竹杠”。

“兀良哈三卫”真正被明廷长时间掌控却是在永乐年间的事情。事情还得从“皇太孙”朱允炆的“建文”四年（西元1402年）说起。因原属于“宁王”朱权的“兀良哈三卫”铁骑在“靖难之役”中为“燕王”朱棣立下了汗功劳，朱棣便一改父亲朱元璋“洪武朝”用武力来对待“兀良哈三卫”的方式，变为安抚。

待朱棣登基称帝后，不但将“大宁卫”草丰的牧地送给“兀良哈”，而且还大量册封封“兀良哈”三的大、小首领为“都督佥事”、“都指挥同知”、“千百”等官职，并“赐诰印冠带及白金、钞币、袭衣”给对方。

还在洪武时期，明廷在建立“兀良哈三卫”的第二年，他们就反叛了大明朝廷。而后，在永乐时期，虽然朱棣十分优待“兀良哈三卫”，但在永乐初年，“三卫”就数次侵犯明朝辽东的广宁等地，并在永乐八年（西元1410年），明朝第一次北征鞑靼时，明廷就再次发现了竟然有“兀良哈人”反叛大明并加了鞑靼军中。